cron実行時の環境変数を指定する方法は、crontab -e で頭の方に書けばいいようです。

$ crontab -l
JAVA_HOME=/usr/java/j2sdk1.4.2
0 * * * * sh /somewhere/to/scriptfile

実行コマンド部分にenvとか使う方法でもできそうだけど、この方法がすっきりして良さそうです。