毎回、マウスを使ってセッションを選択するのが鬱陶しいと思い、起動時の引数などでセッションを指定できないのかと思い、調べたらビンゴの記事を見つけました。

http://blog.iwa-ya.net/2006/08/13/154507

putty -load <session name>

だそうです。

早速CraftLaunchに設定しました。